Il chiostro  appartiene al nucleo più antico dell'Ospedale Maggiore di Lodi, costruito per iniziativa del vescovo Carlo Pallavicino, a partire dagli anni Sessanta del Quattrocento.

Il chiostro faceva dunque parte di una delle crociere originarie, attorno a cui si sviluppava l'ospedale e ad esso si affacciava la sala nella quale si svolgevano le riunioni del capitolo. La sala, costruita probabilmente in concomitanza con il cortile, ha subito poi rimaneggiamenti nel corso del XVI secolo: negli anni Novanta compaiono infatti documenti che ne attestano una ricostruzione e una campagna decorativa, della quale restano gli affreschi della volta. Il chiostro è detto 'della farmacia' proprio perché questa sala, una volta persa la sua destinazione originaria, è stata adibita a dispensatorio farmaceutico, prima di essere usata per le operazioni chirurgiche e come aula per conferenze. Oggi in questo luogo è sita la Collezione Anatomica 'Paolo Gorini', che conserva gli esperimenti dell'omonimo scienziato. Il chiostro non si presenta oggi nelle sue forme originarie, perché negli anni Settanta dell'Ottocento, un intervento di restauro altamente invasivo diretto dall'ingegnere Antonio Sirtori, ne ha ridefinito le forme. Il chiostro venne in quel frangente totalmente smontato e solo il piano inferiore fu rimontato in modo simile a quello originario, mentre, nel loggiato superiore, al riposizionamento delle colonnine originarie corrispose un rifacimento totale degli archi. Durante l'intervento vennero inoltre sostituiti molti pezzi originari tra i quali 16 basi, due capitelli e otto colonne del piano terreno e tutti gli ornati in terracotta che decoravano gli archi del primo piano, sostituiti con formelle di cemento in stile, realizzate da Innocente Pandiani.

Il pozzo nel centro del cortile, nello stesso stile del chiostro, ha basamento e quattro colonne marmoree, tetto in terracotta, regole dell’epoca e sul vertice degli spioventi iu n’asta ferrea ornata da una colomba. Il simbolo si ripete in terracotta negli otto angoli delle volte.